Kondō Isami suýt nữa thì chạy thoát được, nhưng sớm bị bắt lại sau đó tại Nagareyama, Chiba. Ông bị chính quyền mới chém đầu tại Itabashi ít lâu sau đó. Trận Kōshū-Katsunuma là hành động quân sự lớn cuối cùng ở trung tâm Honshū trong chiến tranh Boshin, và cái chết của Kondō Isami lại càng làm những người ủng hộ Tokugawa thêm mất nhuệ khí, góp phần vào việc thành Edo đầu hàng mà không đổ máu năm sau đó.